跑步时肚子两边痛，主要原因为岔气，跑步时交感神经兴奋，但副交感神经不兴奋，导致肠道蠕动减慢，会减少肠痉挛的发生。但由于跑步时腹压增加，某些运动会刺激到腹肌，并且跑步时会有某些神经递质释放，由于肠管长度较长，导致相互作用后，肠管随运动起伏，容易引起副交感神经兴奋，此时会出现肠管的痉挛。
由于跑步时整个腹腔会受到震荡，因此会出现两侧肠道痉挛，以及腹壁痉挛导致的腹壁两侧疼痛。如果出现此类情况，则提示运动过量，此时立即停止运动。腹壁肌肉释放乳酸导致两侧腹壁的疼痛，多数为抽搐性疼痛，此时应饮用热水并停止运动休息，再进行适当的舒缓活动。